農林工程甲級監理公司在識別并評估施工方案中可能存在的問題時，通常會采取以下措施：

1. **綜合評估：** 對施工方案進行全面綜合評估，包括設計文件、施工圖紙、技術要求等，確定可能存在的問題領域。

2. **技術專家咨詢：** 請技術專家參與，對施工方案進行深入研究和評估，針對性地識別可能存在的技術問題。

3. **風險評估：** 進行風險評估，識別施工方案中可能存在的風險和隱患，包括技術風險、安全風險、質量風險等。

4. **施工工藝分析：** 對施工工藝進行分析，確定是否存在施工流程不合理、工藝錯誤或者缺失的問題。

5. **材料質量評估：** 評估施工方案中所使用的材料是否符合標準和規范要求，材料質量是否能夠滿足工程需要。

6. **設備設施檢查：** 檢查施工方案中所需的施工設備和設施是否完備可靠，確定是否存在設備設施不足或不合理的問題。

7. **施工進度計劃分析：** 分析施工進度計劃，確定是否存在進度滯后、工期沖突或者進度不合理的問題。

8. **人員素質評估：** 評估施工方案中所需的施工人員素質是否符合要求，確保施工隊伍技術水平和安全意識良好。

9. **環境影響考慮：** 考慮施工方案對周邊環境可能造成的影響，確定是否存在環境污染、生態破壞等問題。

10. **報告和整改建議：** 將識別的問題整理成報告，提出相應的整改建議，及時與相關單位溝通，并督促采取有效措施解決問題。

通過識別和評估施工方案中可能存在的問題，農林工程甲級監理公司能夠及時發現和解決潛在風險，確保施工過程順利進行，工程質量達標。