農林工程甲級監理公司對工程設計方案、施工計劃以及安全措施進行審核的流程通常如下：

1. **收集文件：** 監理公司首先收集項目的設計方案、施工計劃以及相關的安全措施文件。

2. **文件審查：** 專業的工程師和安全專家會對這些文件進行詳細審查，確保其符合國家和地方相關的法規、標準以及項目的特定要求。

3. **檢查合規性：** 審核人員會核查設計方案是否符合工程的實際需求，施工計劃是否合理可行，以及安全措施是否完備、符合標準。

4. **風險評估：** 在審查過程中，監理公司會進行初步的風險評估，識別設計方案、施工計劃或安全措施可能存在的安全隱患，并提出改進建議。

5. **與設計單位交流：** 如有必要，監理公司會與設計單位進行溝通，討論設計方案的可行性和安全性，提出必要的修改建議。

6. **提出意見：** 審核完成后，監理公司會向相關方提出審核意見，包括對設計方案、施工計劃和安全措施的改進建議。

7. **跟蹤整改：** 監理公司會跟蹤整改過程，確保設計方案、施工計劃和安全措施按照提出的意見進行修改，并在必要時提供支持和指導。

8. **最終確認：** 審核意見得到落實后，監理公司會對修改后的方案進行最終確認，確保其符合相關安全標準和項目要求，方可進入實施階段。

通過以上審核流程，農林工程甲級監理公司能夠確保工程設計方案、施工計劃以及安全措施的合規性，從而保障工程項目的安全實施。